《规划》明确提出，南京将启动一系列水务工程，大幅提升区域防洪排涝能力。至2020年，城市防洪标准争取基本达到主城200年一遇、副城100年一遇、新城50—100年一遇。
城乡生活污水处理能力也将得到提高。根据《规划》，南京将基本实现建成区污水全收集，城市黑臭河道现象全面消除。
污水收集管网建设与改造将继续推进。《规划》提出，将统筹推进江南六区、江宁、浦口等7大污水处理区域、61个处理系统的污水管网建设，加快完成主城城北、江心洲、铁北、城东等污水收集系统及重点街镇污水收集系统配套管网。
同时，结合棚户区改造、老旧小区和背街小巷整治，加快实施片区雨污分流改造。其中，主要推进主城区42个街道约4000个排水单元(居民小区、单位)的排水达标区创建工作。新建城区需要同步建设雨污分流体系，污水管网建设与小区建设做到同时设计、同时建设和同时验收交付使用，杜绝新建片区出现雨污不分、污水下河等问题。
